15 ноября 1993 года в Казахстане была введена национальная валюта – тенге. На второй день после этого события – 17 ноября 1993 года – Национальный Банк Республики Казахстан и двадцать три ведущих казахстанских коммерческих банка приняли решение создать валютную биржу. Существовавший до этого Центр проведения межбанковских валютных операций (Валютная биржа) являлся структурным подразделением Национального Банка. Основными задачами, поставленными перед новой биржей, являлись организация и развитие национального валютного рынка в связи с введением тенге. Как юридическое лицо биржа была зарегистрирована 30 декабря 1993 года под наименованием "Казахская Межбанковская Валютная Биржа" в организационно-правовой форме акционерного общества закрытого типа.

Так была образована существующая в настоящее время Казахстанская фондовая биржа, а 17 ноября стало ее днем рождения.

03 марта 1994 года биржа была перерегистрирована под наименованием "Казахстанская Межбанковская Валютная Биржа", что объяснялось необходимостью приведения наименования биржи в соответствие с действовавшим законодательством.

В течение первых двух лет существования биржа занималась организацией торгов только иностранными валютами. Однако уже в августе 1994 года Биржевой совет поручил Правлению биржи начать проработку вопроса о развитии биржевого сервиса на рынке ценных бумаг, а для отражения направления дальнейшей деятельности биржи общее собрание ее акционеров приняло решение изменить наименование биржи на "Казахстанская межбанковская валютно-фондовая биржа" (в зарегистрированном написании – "КАЗАХСТАНСКАЯ МЕЖБАНКОВСКАЯ ВАЛЮТНО-ФОНДОВАЯ БИРЖА"). Под новым наименованием биржа была перерегистрирована 12 июля 1995 года.

С принятием Временного положения о выпуске и обращении ценных бумаг и фондовой бирже, утвержденного постановлением Кабинета Министров Республики Казахстан от 03 октября 1994 года № 1099, деятельность фондовой биржи стала подлежать лицензированию Министерством финансов Республики Казахстан (до этого времени закон Казахской ССР "Об обращении ценных бумаг и фондовой бирже в Казахской ССР" от 11 июня 1991 года предусматривал только регистрацию фондовой биржи Министерством финансов республики). Необходимость получения лицензии на осуществление деятельности в качестве фондовой биржи была внесена также и в имеющий силу закона указ Президента Республики Казахстан "О ценных бумагах и фондовой бирже" от 21 апреля 1995 года. При этом функции лицензиара были переданы от Министерства финансов вновь образованной Национальной комиссии Республики Казахстан по ценным бумагам.

02 октября 1995 года биржа получила лицензию № 1 на осуществление биржевой деятельности на рынке ценных бумаг, однако действие этой лицензии ограничивалось правом на организацию торгов только государственными ценными бумагами. Впервые торги государственными ценными бумагами были проведены на бирже 14 ноября 1995 года. В то время в силу различных причин биржевой сегмент рынка долговых обязательств государства занимал небольшую долю, торги государственными облигациями имели эпизодический, нерегулярный характер, и через год – 20 сентября 1996 года биржа была вынуждена остановить торги этими ценными бумагами. В 1997 году торги государственными ценными бумагами не проводились. Активизация биржевого рынка долговых обязательств государства началась лишь в 1998 году после запуска в Казахстане накопительной пенсионной системы.

Поскольку названный указ Президента Республики Казахстан содержал запрет на выполнение фондовой биржей функций товарной биржи, по требованию лицензиара биржа была переименована и из ее названия была исключена валютная составляющая. 12 апреля 1996 года биржа была перерегистрирована под наименованием "Казахстанская фондовая биржа", а 13 ноября этого же года получила неограниченную лицензию Национальной комиссии Республики Казахстан по ценным бумагам на организацию торгов ценными бумагами.

Параллельно усилиям, которые предпринимались в направлении развития организованного рынка ценных бумаг, биржа проводила работу по развитию срочного рынка. В начале 1996 года была проведена работа по созданию нормативной базы, регулирующей биржевой рынок срочных контрактов, и в мае этого года состоялось открытие рынка валютных фьючерсов. К сожалению, первая попытка открытия данного рынка оказалась в то время нежизнеспособной, и торги срочными контрактами были остановлены в феврале 1998 года. Данный сектор рынка удалось восстановить только в марте 1999 года.

Так как новый закон Республики Казахстан "О рынке ценных бумаг" от 05 марта 1997 года ограничивал деятельность фондовой биржи только ценными бумагами, общее собрание акционеров биржи в апреле 1997 года приняло решение о ее реорганизации путем выделения в отдельное юридическое лицо ЗАО "Алматинская биржа финансовых инструментов" (AFINEX), которое было зарегистрировано 30 июля 1997 года. С 01 сентября того же года на торговую площадку AFINEX были переведены торги иностранными валютами и срочными контрактами. Сама Казахстанская фондовая биржа прошла перерегистрацию 03 июля 1997 года под своим прежним наименованием и 19 сентября этого года провела первые торги негосударственными эмиссионными ценными бумагами.

1998 год был отмечен восстановлением биржевого рынка государственных ценных бумаг, произошедшим за счет появления новой группы профессиональных участников рынка ценных бумаг – компаний по управлению пенсионными активами, которые в силу требований законодательства были обязаны оперировать только на организованном фондовом рынке. В том же году при помощи Национальной комиссии Республики Казахстан по ценным бумагам в Казахстане был сформирован организованный вторичный рынок суверенных еврооблигаций Республики Казахстан. Первые торги этими еврооблигациями состоялись на бирже 19 октября 1998 года. С 15 июля того же года биржа запустила в эксплуатацию котировочную торговую систему, что, по сути, разрешило проблему создания в Казахстане внебиржевой котировочной организации.

С 1999 года началось развитие биржевого рынка корпоративных облигаций, первые из которых были включены в официальный список биржи 01 февраля того же года. 1999 год отмечен также запуском с 05 июля биржевого сектора операций репо по государственным ценным бумагам и проведением 07 июля первого аукциона по размещению муниципальных облигаций.

Со вступлением в силу закона Республики Казахстан "О внесении изменений и дополнений в некоторые законодательные акты Республики Казахстан по вопросам акционерных обществ" от 10 июля 1998 года был устранен запрет на организацию фондовой биржей торгов иностранными валютами и другими, помимо ценных бумаг, финансовыми инструментами, что дало возможность присоединить AFINEX к Казахстанской фондовой бирже. Решение об этом было принято общим собранием акционеров 06 января 1999 года, а 16 марта этого года была произведена соответствующая государственная перерегистрация воссоединенной биржи.

07 января 2007 года вступил в действие приказ Председателя Агентства Республики Казахстан по регулированию деятельности регионального финансового центра города Алматы (АРД РФЦА) от 15 декабря 2006 года № 74, определяющий биржу оператором специальной торговой площадки РФЦА, первые торги на которой состоялись 27 февраля 2007 года.

08 августа 2007 года со вступлением в силу закона Республики Казахстан "О внесении изменений и дополнений в некоторые законодательные акты Республики Казахстан по вопросам развития регионального финансового центра города Алматы" от 21 июля 2007 года биржа утратила свой статус некоммерческой организации, а ее акции стали доступны к покупке любыми заинтересованными лицами (ранее круг акционеров биржи был законодательно ограничен только профессиональными участниками рынка ценных бумаг и другими организациями, не являющимися профессиональными участниками рынка ценных бумаг, но имеющими в соответствии с законодательством Республики Казахстан право на осуществление сделок с иными, кроме ценных бумаг, финансовыми инструментами).

С этой же даты был изменен принцип голосования на общем собрании акционеров биржи (вместо "один акционер – один голос" – "одна акция – один голос") и введено ограничение на максимальное количество акций биржи, которое может принадлежать ее одному акционеру совместно с его аффилиированными лицами. Это ограничение составляет 20 % от общего количества размещенных акций биржи для любых акционеров биржи, кроме АО "РФЦА" (право владения и пользования государственным пакетом акций которого принадлежит АРД РФЦА), которое вправе владеть до четверти от общего количества размещенных акций биржи (в настоящее время названное общество владеет 12 % от общего количества размещенных акций биржи).

23 августа 2007 года годовое общее собрание акционеров биржи утвердило стратегию ее развития на 2007–2010 годы, предварительно одобренную Биржевым советом 26 июля 2007 года.

Сегодня биржа представляет собой универсальный финансовый рынок, который условно можно разделить на четыре основных сектора: рынок иностранных валют, рынок государственных ценных бумаг, в том числе международных ценных бумаг Республики Казахстан, рынок акций и корпоративных облигаций, рынок деривативов.