МФБ создана постановлением Правительства №13 от 18 января 1991 года. В начале 90-х гг. в Монголии начат процесс перехода от командно-административной системы к рыночной, и в силу этого, перед Монгольским государством встал вопрос о приватизации государственных имуществ, создавая частных секторов.

Чтобы выполнить поставленную задачу необходимо было вмешательство только созданной Фондовой Биржи, и в силу этого МФБ начал функционировать при поддержке и под руководством Приватизационной Комиссии при Правительстве. Весной 1991 года с помощью высококвалифицированных специалистов из других стран провели трех месячный обучающий курс о фондовом рынке, и из выпускников данного курса отобрали специалистов-будущих работников МФБ. А также то, что данный курс прошли экономисты из каждого аймака и с июля 1991 года в 18 аймаках, 3 городах созданы 29 брокерских фирм при МФБ, позволило провести куплю-продажу ценных бумаг по всей стране.

07 февраля 1992 года открыт первичный рынок ценных бумаг, и совершена первая купля-продажа на фондовом рынке Монголии. В 1992-1995 годах, в общей сложности, приватизировали 475 госкомпании, 96,1 млн. акции данных компании, оцениваемые в 8,2 трлн. тугриков, успешно проданы на первичном рынке в виде инвестиционного пая.

Принятый в 1994 году закон "О ценных бумагах” позволил не только создать Комиссию по Ценным Бумагам (КЦБ), но и запустить торги на вторичном рынке ценных бумаг. В связи с введением вторичного рынка возникло необходимость также приватизировать всех брокерских фирм, финансируемых МФБ, и Постановлением Правительства №170 от 1995 года "временной регламент МФБ” пересмотрен и утвержден заново. В соответствии с законом "О ценных бумагах” и "Временным регламентом МФБ” Биржа получила статус некоммерческого государственного предприятия как депозитарий и организатор купля-продаж ценных бумаг. С утверждением нового Закона "О рынке ценных бумаг” Великим Государственным Хуралом (ВГХ Монголии) в декабре 2002 года МФБ переобразована в акционерную компанию со стопроцентной государственной собственностью. В итоге депозитарная деятельность ценных бумаг перешла к новой, независимой от МФБ компании, сама МФБ начала функционировать в качестве организатора купля-продажи ценных бумаг и их регистратора.

Сегодня МФБ как акционерная компания имеет Наблюдательный совет и Совет директоров, а также в основных отделах как аналитическо-исследовательском, информационно-технологическом, финансово-хозяйственном, регистрационно-контрольном отделе, отделе по связям с общественностью, департаменте по управлению делами работают свыше 50 специалистов.

С момента открытия вторичного рынка ценных бумаг в 28 августа 1995 года по окончании 2008 года на МФБ проведена 3365 торговых операций в 361,4 млрд. тугриков, из которых на торговлю акциями приходится 176,5 млрд. тугриков, государственную облигацию - 170,2 млрд. тугриков, корпоративную облигацию – 14,7 млрд. тугриков.

На конец 2008 года в МФБ зарегистрированы ценные бумаги 376 эмитентов, членами являются 41 брокеро-дилерская компания (из них 15 предоставляют андеррайтинговые услуги). Рыночная капитализация на 31 декабря 2008 года составила 515,9 млрд. тугриков, индекс ТОП-20 – 5583,22 пункта.