Банк основан в Санкт-Петербурге в далеком 1989 году под именем «Ленинградский инновационно-коммерческий банк железнодорожного транспорта «Ленжелдорбанк» и зарегистририрован еще Госбанком СССР. Первыми пайщиками банка выступили «Октябрьская железная дорога» и другие предприятия железнодорожного транспорта Санкт-Петербурга.

В ноябре 1989 года переименован в банк «Балтийский». С 2001 года функционирует в виде акционерного общества. Несмотря на неоднократные попытки Транскредитбанка — опорного банка «Российских железных дорог» — получить над ним контроль, «Балтийскому» удалось сохранить самостоятельность. Сейчас у банка почти 5 тысяч акционеров, но 99,75% акций принадлежит ООО «Балтийский Торговый Дом» (контролируется членами совета директоров банка Олегом Шигаевым и Андреем Исаевым).